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第四代测序有望全面代替边合成边测序吗??

优艾设计网 https://www.uibq.com 2023-01-07 10:54 出处:网络 作者:PS自学
第优艾设计网_设计百科四代测序(纳米孔测序)有望全面代替边合成边测序吗?118****678

优艾设计网_设计百科四代测序(纳米孔测序)有望全面代替边合成边测序吗?
118****678 2021-06-03 13:30


个人觉得不会。
目前纳米孔究竟算三代还是四代,说法尚不统一。下面对此不加以区分,统一称为三代。
二代测序如此成熟的今天,一代测序也没有消失。你要是构个载体,直接18块钱做Sanger测序,24小时拿到结果,何必做二代测序烧钱?
同样,如果三代测序成熟了,只会造成测序市场的进一步细分,而不是完全取代二代测序的地位。
至于市场将会如何细分,因为三代毕竟尚未成熟,所以只能猜测。二代测序的代表Illumina的芯片就是一块平整的流动单元(flow-cell),只要芯片保持足够平整,提高通量很容易(HiSeq X10的通量已经令人恐怖了)。纳米孔测序对制作工艺的高要求,很难保证每个纳米孔高度一致,因此其通量可能很难提高;而即使纳米孔的工艺改进,使得通量达到数十G的级别,二代也会进一步改进,通量估计继续甩三代两个数量级问题不大。因此对某些需要极高通量的测序项目,二代测序会继续保持优势。
未来几年可能发生情况的推测:
二代测序的通量会进一步稳定提高,读长也会相应增加但不非常显著。三代测序的准确度提高到可以接受的水平(起码得到95%)。
在1的假设下,二代测序可能继续保持优势的领域可能是全民级别的基因组、某些重要组织的转录组的测序。如果基因组测序会进一步普及和平民化,则二代测序由于通量大,因而成本低,更容易被市场接受。测序的准确度可以由通量来保证。而基因组上的低复杂度区域(重复序列),可以选择不关心,因为那里存在重要SNP的概率比较低。
在1的假设下,三代首先会夺去的市场可能是单细胞测序,和医疗、司法、海关等不要求极高通量的生物检测应用。目前用二代测序做单细胞测序,无论是测优艾设计网_在线设计基因组还是转录组,都需要先扩增再测,而扩增不可避免地会引入偏差和错误。而三代测序则先天性可以避免扩增,直接测单细胞,这是二代测序无法比拟的优点。医疗上检测病人样品,司法上检测凶手DNA等,都不需要二代那样庞大的通量,而要求快速、灵活和超长读长,这也是二代难以抗衡的。


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