季亦婷
2021-06-04 07:36
转录组学研究的一个重要方面就是发现和分析ncRNA。目前高优艾设计网_Photoshop交流通量实验揭示,至少93%以上的人类基因组可转录为RNA,除了不到2%的序列用于编码蛋白,其余91%的基因组可转录为非蛋白编码的RNA分子,即ncRNA。ncRNA按其功能可分为看家ncRNA和调节ncRNA。前者通常稳定表达,发挥着一系列对细胞存活至关重要的功能,主要包括转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核RNA(snRNA)及小核仁RNA(snoRNA)等;后者主要包括长链ncRNA(lncRNA)和以microRNA为代表的小ncRNA(smallncRNA),在表观遗传、转录及转录后等多个层面调控基因表达。过去几年里对ncRNA的研究大部分集中于小ncRNA。microRNA是长约19~23个核苷酸(nt)的内源性非编码RNA,是动植物中基因表达至关重要的转录后调控因子,与之相关的一类非编码RNA——siRNA,长度为21~24nt,是植物中小RNA分子的主要类型。尽管microRNAs和siRNAs大小相似,都参与基因表达的转录后调控,但其生物合成和具体功能是不同的。
lncRNA由于序列保守性较低曾经一度被认为是转录噪音,直到近几年随着研究的不断深入才证明,lncRNA具有明确的生物学功能,与癌症、冠心病及神经退行性疾病等多种疾病密切相关。目前对lncRNA的认识尚处于初级阶段,一般认为大于200nt且缺乏蛋白编码能力的转录本为lncRNA,迄今发现的lncRNA长度从几百nt到十几万nt不等,大概可以分为5种类型：正义的,反义的,内含子型的和基因间的。lncRNA可以通过不同模式发挥多种分子功能,如调节转录模式,调节蛋白质活力,具有结构和组织功能,改变RNA加工方式和作为一些小RNA的前体。Peng等首次利用新一代测序技术,在全转录组范围分析了呼吸道病毒(SARS病毒和H1N1型流感病毒)感染后,宿主细胞lncRNA的变化情况。研究人员采用not-so-random引物法(可对PolyA和非PolyA、编码和非编码转录本进行分析),对病毒感染后的小鼠肺部细胞构建cDNA文库进行深度测序,结果发现,呼吸道病毒感染引发大量lncRNA的表达发生变化。提示这些RNA分子可能参与了宿主细胞的先天性免疫。
转录组学研究的一个重要方面就是发现和分析ncRNA。目前高优艾设计网_Photoshop交流通量实验揭示,至少93%以上的人类基因组可转录为RNA,除了不到2%的序列用于编码蛋白,其余91%的基因组可转录为非蛋白编码的RNA分子,即ncRNA。ncRNA按其功能可分为看家ncRNA和调节ncRNA。前者通常稳定表达,发挥着一系列对细胞存活至关重要的功能,主要包括转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核RNA(snRNA)及小核仁RNA(snoRNA)等;后者主要包括长链ncRNA(lncRNA)和以microRNA为代表的小ncRNA(smallncRNA),在表观遗传、转录及转录后等多个层面调控基因表达。过去几年里对ncRNA的研究大部分集中于小ncRNA。microRNA是长约19~23个核苷酸(nt)的内源性非编码RNA,是动植物中基因表达至关重要的转录后调控因子,与之相关的一类非编码RNA——siRNA,长度为21~24nt,是植物中小RNA分子的主要类型。尽管microRNAs和siRNAs大小相似,都参与基因表达的转录后调控,但其生物合成和具体功能是不同的。
lncRNA由于序列保守性较低曾经一度被认为是转录噪音,直到近几年随着研究的不断深入才证明,lncRNA具有明确的生物学功能,与癌症、冠心病及神经退行性疾病等多种疾病密切相关。目前对lncRNA的认识尚处于初级阶段,一般认为大于200nt且缺乏蛋白编码能力的转录本为lncRNA,迄今发现的lncRNA长度从几百nt到十几万nt不等,大概可以分为5种类型：正义的,反义的,内含子型的和基因间的。lncRNA可以通过不同模式发挥多种分子功能,如调节转录模式,调节蛋白质活力,具有结构和组织功能,改变RNA加工方式和作为一些小RNA的前体。Peng等首次利用新一代测序技术,在全转录组范围分析了呼吸道病毒(SARS病毒和H1N1型流感病毒)感染后,宿主细胞lncRNA的变化情况。研究人员采用not-so-random引物法(可对PolyA和非PolyA、编码和非编码转录本进行分析),对病毒感染后的小鼠肺部细胞构建cDNA文库进行深度测序,结果发现,呼吸道病毒感染引发大量lncRNA的表达发生变化。提示这些RNA分子可能参与了宿主细胞的先天性免疫。
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