对于长链非编码RNA的功能研究有什么方法？？

现在对于长链非编码RNA的研究越来越流行，这种研究也是比较难的，有什么方法可以帮助这类研究的优艾设计网_设计客进行呢？

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溃崩中 2021-06-12 21:50

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现在有一种ChIRP-seq的方法可以用来研究长链非编码RNA的功能，帮助发现它们的调控位点。长链非编码RNA一般是通过在细胞核内与一些RNA的结合来发挥作用的，这些被结合的RNA可能是转录因子、染色质修饰酶，长链非编码RNA可以通过与它们结合发挥调控基因表达的作用。
CHIRP-seq的方法就是利用检测与RNA结合的DNA，对其进行高通量测序，进而达到研究长链非编码RNA功能的目的。这种方法会先进行一次交联，将RNA与DNA或蛋白进行交联，之后将进行过交联的DNA片段化，这时候再设计探针，把交联有DNA片段的RNA捕获下来，这样与之交联的DNA片段也就能获得，之后再把这些DNA片段进行高通量测序。测序之后进行分析就可以知道这些RNA结合到了基因组哪些区域，进而确定这些RNA的功能靶基因。

此外，还有一种非编码RNA沉默与定位分析（c—KLAN）技术，可用于对lncRNA进行功能缺失研究和细胞定位。这种技术利用现有已知lncRNA设计引物，并将其逆转录为cDNA后扩增，之后一方面将扩增产物在体外转录生成dsRNA，并将dsRNA使用内切酶酶切后制备esiRNA来进行功能缺失研究；另一方面则用荧光标记的UTP对扩增产物在体外转录生成正义或反义fish探针，用于对lncRNA进行定位分析。

还有就是利用生物信息学方法预测lncRNA的功能，一般的预测策略有以下几种：比较基因组学策略、与编码基因共表达分析策略、通过与miRNA或蛋白的相互作用预测。

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