现在基因测序的瓶颈主要在优艾设计网_设计哪里?精度?速度?
u优艾设计网_设计LOGO_108wuai819 2021-06-16 15:16
其实这个问题,我想简单的说一下:
一代测序,也就是sanger测序,是最普通的测序的方法,这个方法的原理很简单,最基本的应用就是获取一段基因的序列信息,其实题主说的测序应用很少应该不包括这个方法,至少在我们实验,这个方法还是得到了很大的应用的;
二代测序,Next-generation Sequencing,又被成为高通量测序,现在主要针对二代测序的平台主要是illumina测序平台,lifetech(现在被thermo收购了)的ion torrent平台,还有之前的Roche 454平台,这些平台都各有各的优势,454的读长长,illumina通量高,时间快,ion torrent成本较低,但是这三个平台都没有客服二代测序最深刻的短板——测序成本相当之高。这里说的成本高不只是花钱花的多,而且后期的测序数据出来个10个G都是少的,处理这些数据需要极强的生物信息学的背景,这方面的人才的成本真心的高;另外我见过几个实验室买过二代测序仪,主要就是Hiseq和ion torrent,但是真正用起来的实验室真心的少,大部分还是在那贡着吧!!所以说题主说的精度和速度只是其中的一个原因(这两个就先不吐槽了),想做二代测序,你先成就一个生物信息学的博士再说吧,否则免谈。。。要不就乖乖的送公司做——成本在10-20W之间!!
第三代的测序仪,即所谓的单分子测序,可以测的长度很高,但是会引入第二代测序很少出现的indel(插入,缺失)的情况。
从数据分析上看,高通量,大数据的分析,在计算机的存储和计算资源的消耗上都是很高的。
从实验室提取DNA,但最后得到分析结果,中间需要经历 建库-测序-比对/组装-变异检测-注释等 一系列实验和数据分析过程,第二代测序的方法动辄单个样本就上T的数据量都会使得分析过程耗时耗资源。
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