请教miRNA测序数据比对到参考基因组上是60%左右，但是比对到miRBase数据库上只有7% 这是怎么回事呢？？

_CFT01****70229 优艾设计网_在线设计 2021-06-24 12:57

有以下可能性：1. 比对所用的参考基因组和所测物种不是同一个物种，同源性不够好，倒闭比对的mapping比率不高； 2. 测到的序列不全是miRNA，有其他RNA序列污染，比如断裂mRNA，因此与miRBase数据库比对比率滴；3. 测序样本有污染，所测样本与所分析物种不是同一个；4. 所用miRBase数据库版本太低，没有收录入全部已知miRNA，据我所知，miRBase数据库近两年更新比较多，而且更新增加的miRNA数据量也不少，如果用了旧版本，是可能发现比对率太低的。

---