张骏
2021-08-04 15:20
ChIP技术最大的优点是该技术是一种体内技术,绘制的转录因子DNA结合谱是一类体内DNA结合谱。原理上ChIP技术所捕获的DNA是细胞内与转录因子发生结合的DNA,这些DNA应是具有调控功能的DNA,但实际情况却并非这样理想。首先,ChIP实验对抗体的品质要求高,品质较差的抗体以及免疫沉淀环节的低严紧性洗涤往往造成非特异性DNA的沉淀,产生高背景和假阳性。另外,ChIP技术由于受实优艾设计网_PS交流验原理的限制,只能鉴定出某种转录因子在一种细胞中一个很短时间(甲醛交联点)内处于结合态的DNA,很难反映出一种转录因子在不同组织细胞、不同发育阶段、不同刺激状态下所作用的全部DNA靶点。除此之外,抗体和转录因子蛋白的结合也受众多因素的干扰,使得部分蛋白质结合的DNA也难以被ChIP捕获。例如,增强体中的其他蛋白质可能屏蔽转录因子与抗体的结合,导致部分DNA信息流失。另外,从ChIP获得的DNA长片段(一般200~500bp)中确定转录因子的精确DNA结合靶点(一般6~10bp)也比较困难。近年来的研究还表明,有些转录因子常常表现出能够结合非经典的DNA序列,要从ChIP片段中确定这类DNA靶点,难度更大。
ChIP技术最大的优点是该技术是一种体内技术,绘制的转录因子DNA结合谱是一类体内DNA结合谱。原理上ChIP技术所捕获的DNA是细胞内与转录因子发生结合的DNA,这些DNA应是具有调控功能的DNA,但实际情况却并非这样理想。首先,ChIP实验对抗体的品质要求高,品质较差的抗体以及免疫沉淀环节的低严紧性洗涤往往造成非特异性DNA的沉淀,产生高背景和假阳性。另外,ChIP技术由于受实优艾设计网_PS交流验原理的限制,只能鉴定出某种转录因子在一种细胞中一个很短时间(甲醛交联点)内处于结合态的DNA,很难反映出一种转录因子在不同组织细胞、不同发育阶段、不同刺激状态下所作用的全部DNA靶点。除此之外,抗体和转录因子蛋白的结合也受众多因素的干扰,使得部分蛋白质结合的DNA也难以被ChIP捕获。例如,增强体中的其他蛋白质可能屏蔽转录因子与抗体的结合,导致部分DNA信息流失。另外,从ChIP获得的DNA长片段(一般200~500bp)中确定转录因子的精确DNA结合靶点(一般6~10bp)也比较困难。近年来的研究还表明,有些转录因子常常表现出能够结合非经典的DNA序列,要从ChIP片段中确定这类DNA靶点,难度更大。
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