单细胞基因组学顾名思义,研究人员分优艾设计网_PS论坛离出单个细胞并裂解,然后扩增并测序基因组DNA。它所产生的组装可能并非完整的,因为任何损失或扩增偏向都会导致序列数据丢失,不过,它带来了其他方法无法获得的信息。现在的问题是,如何分离单个细胞?
_WeCh****083152 优艾设计网_在线设计 2021-10-02 12:44
这个关键步骤是单细胞的分离,Quake曾使用微流体方法来分离一种称为TM7的无法培养微生物1。TM7是杆状的,于是Quake及其团队专门捕获口腔微生物群落中的杆状细菌。随后他们通过核糖体RNA来追踪所要的细胞。在35个分离的杆状细菌中,4个都证明是TM7,他们对其中一个进行测序。
Woyke认为,微流体方法有两个主要优势。第一,用户能够观察他们正在分离的细胞,这让他们能够选择特定的形态或表型,并将此信息与基因型相关联。第二是扩增效率。单拷贝的细菌基因组显然不够用来测序,因此需要全基因组扩增。但并非所有片段都能同等扩增,一些可能会丢失。“一些研究表明,如果反应体积越小,那么单细胞基因组的回收就越好,覆盖也更加均一,”Woyke说。http://www.ebiotrade.com/newsf ... 4.htm
为什么要这么纠结 优艾设计网_设计LOGO 2021-10-02 12:48
楼主有兴趣可以参考一下文献,介绍了几种常用的方法,挺详细的,问题是几种方法各有优缺点,所以楼主可根据自己的需求进行选择,对于单细胞基因组学的研究还是比较热门,而分离技术可能是限制其发展的瓶颈之一,如果其他大牛有更好的方法,不妨共享一下哈。
单细胞分析 样品制备
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