我写了个ChIP-Seq下游分析的package,ChIPseeker, http://www.bioconductor.org/pa ... .html .
起因在于发现ChIPpeakAnno的一个bug, http://ygc.name/2014/01/14/bug ... anno/。
最初的版本是写出来自己做优艾设计网_Photoshop百科annotation, http://ygc.name/2014/04/13/chi ... tion/,后来加入了一些画图函数http://ygc.name/2014/04/30/vis ... eker/,现在最新的版本可以把自己的数据和GEO数据库中的数据进行比较,请参考vignettes, http://www.bioconductor.org/pa ... r.pdf.
因为对于ChIP seq数据,我还是新手,所以想问一下,对于下游分析,有什么样的功能需求?如果我有时间,可以在下一版本中实现。
精彩评论