食堂里四位曾经的花样美男.酒过三巡，聊得正欢，骆佳佳来到食堂，把婚礼请柬丢给小蔡和袁迟，请老板用自己的手机拍下五人合影。骆佳佳提议他们在自己婚礼上重新唱一遍“流星雨”。小蔡、小圆、陈霆、袁迟在篮球场打球;四人热烈小圆、陈霆、袁迟在篮球场打球，四人热烈谈论起骆佳佳婚礼上台演出的事情。
深夜食堂里，袁迟说出自己当年也喜欢骆佳佳，四人聊完往事有些消沉。婚礼上表演的事再被提起，小蔡趁机鼓动小圆健身锻炼，重塑往日光辉。小蔡带三人到健身房锻炼，健身房的女教练帮助他们健身塑形，小蔡似乎收获到女教练的爱情。婚礼现场，四个花样中年美男登场，中年F4的笑容自信灿烂。
码头上，阿龙得知阿贤新交女友，给了阿贤一叠钱。阿龙的“老大哥”提醒他注意阿义。阿龙和阿贤决定去夏日俱乐部走一遭。夏日俱乐部音乐喧嚣，寿叔看到阿龙很高兴。Tony哥看上阿龙的码头势力，提出诱人的合作条件，阿龙没有接受。寿叔觉得阿龙的性格和自己车祸死去的儿子很像，寿叔和阿龙好似相识多年。
Tony哥来到食堂，以更优厚的条件来说服阿龙，阿龙不冷不热。阿贤接到胖德的电话，阿龙听到阿义带着汤尼去15号码头，便带着阿贤夺门而出。阿龙被胖德偷袭刺伤，阿龙和阿贤开车逃离时车被撞翻，阿龙头破血流，阿贤也受伤被困车内。正在Tony准备撞向他们时，寿叔赶到码头，阻止了Tony。警察及时赶到。
马克是一名船员，五年前第一次来到深夜食堂，他天生失聪，会读唇语。马克宁肯待在海上也不想跟人相处，一直到五年前在灯塔下捡到一名女婴乐乐，马克才开始倾听世界的声音。乐乐会到食堂打包晚餐，带到灯塔上等马克一起吃，他们是一对幸福的父女。乐乐做家务时摔倒，头部受伤流血，马克抱着乐乐冲进医院时乐乐已经失血性昏谜。
医生发现马克耳聋而且不识字，便联系了福利院，乐乐也临时由福利院照顾。福利院工作人员通过询问得知马克是o型血，判断马克不是乐乐的亲生父亲。马克被捕。嘉成到食堂调查乐乐首次出现的情形。阿龙请非常专业的律师帮助马克。通过DNA对比，找到了乐乐的妈妈艾真。艾真是开百货公司的，很有经济实力。马克告诉乐乐她妈妈要来接她，乐乐让马克带她一起逃走。
艾真来到深夜食堂，老板猜出了她是乐乐的生母。艾真认定深夜12点以后营业的地方肯定不是什么好地方，还跟着一个不正常的父亲。马克涉嫌拐卖儿童而遭到警方羁押，艾真的律师提出高额保释金。食堂众人筹钱，最后阿龙付了保释金。
艾真到福利院接乐乐，乐乐没有等到马克，非常失望。艾真把乐乐带到酒店的豪华大套房，她提前买了很多她觉得乐乐可能会喜欢的东西，但是乐乐不为所动，只是哀伤、疲惫地走到窗边寻找曾经和马克一起吃饭讲故事的红灯塔。艾真看到这样的情景，悄悄把机票延期。乐乐和艾真相处得很好，艾真觉得乐乐懂事。马克一直努力工作、努力学认字和发音，想要争取乐乐。
法庭上，双方律师唇枪舌剑，马克拿着早准备好的绘本开始用粗哑、怪异的嗓音慢慢读着绘本上小红帽的故事。马克被判无罪，但没有拿到探视权。乐乐和大家道别，马克大哭不已。艾真和乐乐离开两天后寄来了一张机票。马克带着阿龙送的礼物高兴地出发去找乐乐。阿丈年幼时家里突遭变故，爸爸欠债跑了，妈妈莲姨一无所有，本想一死了之，小阿丈唤回了莲姨生活的信念。
莲姨和阿丈循着香气找到正在煮“酒蒸蛤蜊”的一对贫穷老夫妻，阿丈吃了很多“酒蒸蛤蜊”，贫困但温暖老夫妻、体贴的儿子和优艾设计网_设计客温香的“酒蒸蛤蜊”让莲姨的心暖起来，她决心独自把儿子抚养成人。如今，莲姨常常在食堂点酒蒸蛤蜊。
莲姨是食堂的常客，常常喝醉。阿丈现在是大学体育系主任，阿丈的女朋友小柔刚被学校聘为分校副校长，阿丈被调到新学校担任体育主任，需要去新城市工作，阿丈陷入两难。小柔表示不能接受远距离的恋爱，让阿丈做出最终决定。小柔和阿丈买好电影票准备看电影，被深夜食堂的电话中断，小柔和阿丈赶到食堂给莲姨收拾烂摊子，莲姨醉得厉害，阿丈被莲姨打倒撞墙，阿丈既冲动又难过。
气冲冲的阿丈开车离开时发生车祸，在医.院陷入深度昏迷。莲姨变得萎靡，又走到海边。老板赶来，用“酒蒸蛤蜊”和“姜丝蒸蛤蜊”的例子说服和鼓励莲姨。莲姨下定决心，要从死神手里夺回儿子。她形象一新，精心护理阿丈，和小柔也相互理解支持。终于，阿丈苏醒过来。莲姨把儿子交给小柔，内心暖暖地随团去北海道旅游，开始了新的人生。
里昂后脑留着脑瘤手术留下的伤疤，他卖掉所有东西，打算骑着摩托“闪电”一路流浪三少女西西一脸灿烂随着音乐驾车高歌，要求副坐上头戴安全帽紧抓把手的弟弟迪恩跟着唱。西西是先天性心脏病患者，移植的心脏已到使用期限，乐观的西西制定了愿望清单，驾驶跑车是她第一次纵情享受人生，以撞上食堂门外停放的“闪电”造成车祸结束。
车祸让里昂和西西相识，西西提议里昂跟自己一起完成愿望清单。一对命运不济的年轻人彼此为伴，开始了“恋爱”。西西佯装里昂的妈妈跟里昂对话，当西西假装拿着里昂照片扮作里昂妈妈说话时，里昂终于受不了走出门外，老板劝解里昂。里昂听到食堂内有声响，原来是西西晕倒在地。西西被救护车送进医院。里昂第一次想要再活久一点，他决心诚实面对自己的癌症和爱情。
里昂住进医院检查，知道自己只剩下一个月的时间。他和西西从医院里逃出，决定珍惜不多的时间。众人帮助他们举行了简单的结婚仪式，俩人还拍了很多照片。最后清单只剩下“完成遗嘱和所有人好好道别”。里昂陪着西西和亲友们告别。西西希望以后在自己的骨灰上种—棵树，告别式要像宴会一样，都不许哭。
三天后，俩人在众人的祝福下前往北方的雪地，但西西在机场突然病危。里昂在西西的骨灰上种了一棵小树。里昂在医院停止呼吸时，家人和朋友都围绕在他身边，他的遗嘱只有“和西西在一起”。影后孙可唯来食堂点了二份酱油炒面加荷包蛋，然后一直盯着老板的烹饪过程，嘱咐蛋不要熟。主姐妹进入食堂时，恰好看见孙可唯告别，随后来的两位男常客郝用和孙建知道大明星孙可唯来过，兴奋异常。
老坂和孙可唯聊得很好，可唯告诉了老板很多自己的事情。赶到食堂的杜威导演说服可唯接他的新戏，可唯再次拒绝杜威。慢跑中的可唯陷入多年前和爸爸妈妈在一起的回忆，想起和爸爸妈妈一起打扫房间的情形，想起爸爸被警察带走，还有妈妈过世。可唯来到食堂，等客人散尽才把新皮夹交给老板，老板夸赞可唯眼光好，俩人又喝了不少酒，攀谈起来，爱恋升温。
老板遗失了可唯送他的皮夹，在公园打扫的孙尚把皮夹还给老板，并受邀进去吃东西，和老板聊起可唯，得知可唯来这里只吃酱油炒面加半熟荷包蛋，受到触动。他点拨老板下次给可唯炒面时撒上项城贾岭的白芝麻。原来可唯的爸爸当年经营“狄斯科”餐厅：他正在餐厅给可唯做酱油炒面’时，警察上门抓捕他。
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